Codigo abierto para Biologia y Medicina

BioMed Central ha lanzado una nueva revista científica electrónica, Source Code for Biology and Medicine, interesante por dos razones:

Por una parte por su “modelo de negocio”; es una revista de acceso abierto y gratuito para los lectores, haciendo frente a los costes de edición mediante las aportaciones económicas de los autores de los artículos que se publiquen en la revista. Este modelo se está imponiendo en muchas revistas electrónicas de acceso abierto, en particular en las editadas por BioMed Central.

Por otra parte, es una revista dedicada al código del software desarrollado para aplicaciones biológicas y médicas, dos áreas científicas que se están transformando en gran medida en ciencias computacionales. A pesar de la importancia creciente de la minería de datos, modelización estadística, simulación y otras herramientas dependientes de software, pocas revistas de biología o medicina prestan atención al código en si mismo y pocas requieren (o, al menos, permiten) que el código fuente acompañe a los artículos. Esto dificulta el contraste de los resultados y el desarrollo de nuevo conocimiento partiendo del ya existente. Como proponen en el

artículo de bienvenida (pdf provisional), esta nueva revista viene a cubrir esas carencias:

Source Code for Biology and Medicine is a peer-reviewed open access, online journal that publishes articles on source code employed over a wide range of applications in biology and medicine. The aim of the journal is to publish source code for distribution and use in the public domain in order to advance biological and medical research. Through this dissemination, it may be possible to shorten the time required for solving certain computational problems for which there is limited source code availability or resources. Fundamentally, the overarching computation-related goals of the journal are to:

• Increase productivity among source code users working on problems of public and environmental health importance
• Reduce discovery times in molecular and genomic sciences
• Reduce search times for source code applied in biological and medical research • Provide a historical reflection of source code applied in various fields
• Serve as a repository for source code

Los temas de interés son muy amplios, lo cual posiblemente sea buena idea dado que es la primera iniciativa en este ámbito, aunque esperemos que en el futuro, por el propio éxito del proyecto, nazcan nuevas revistas especializadas:

The scope of Source Code for Biology and Medicine includes workflow and source code for data integration, data fusion, gene regulatory networks, molecular pathway and drug discovery, protein structure, biological sequence analysis, signal processing, geospatial information systems, patient management systems, decision support systems, social network systems, environmental risk and dose modeling, supervised and unsupervised classification, text and media mining, and parametric/non-parametric numerical methods. Publications in Source Code for Biology and Medicine may involve the following areas: Biometrics, Biostatistics, Biopatterns, Biophysics, Bioinformatics, Ecology, Environmental health, Health physics, Medical physics, Medical informatics.

Por otra parte la revista integra las últimas tendencias en publicaciones científicas, que están incorporando las herramientas y modelos de creación de contenidos de la web 2.0, como son los feeds RSS o la posibilidad de que los artículos ya publicados reciban comentarios de los lectores.

Fuente: Genciencia