Identificar y priorizar las opciones
terapéuticas teniendo en cuenta las alteraciones genéticas de un paciente es un
desafío importante en la medicina personalizada del cáncer. Las estrategias
basadas en el análisis de datos como PanDrugs pueden ayudar a este fin. Esta nueva
herramienta computacional ha sido desarrollada por investigadores de la Unidad
de Bioinformática del Centro Nacional de
Investigaciones Oncológicas (CNIO) (España) y se describe en un artículo
publicado en Genome Medicine.
La mayor parte de los tumores tiene
una larga lista de alteraciones genéticas cuya relevancia biológica y clínica,
y su susceptibilidad para ser dianas farmacológicas, no siempre están claras.
Se han desarrollado varias herramientas para identificar alteraciones genómicas
clínicamente útiles y para sugerir terapias dirigidas contra ellas, pero tienen
algunas limitaciones y todavía existe una brecha entre los datos genómicos en
bruto y su utilidad clínica.
Para superar estas barreras, un
equipo de investigadores dirigido por Fátima Al-Shahrour, jefa de la Unidad de
Bioinformática en el CNIO, ha desarrollado el nuevo método PanDrugs. "La
principal novedad introducida en esta metodología en comparación con las
herramientas que ya existen es la ampliación del espacio de búsqueda para
proporcionar opciones terapéuticas", explica Al-Shahrour.
Es decir, PanDrugs sugiere compuestos
para dianas directas (genes que contribuyen al fenotipo de la enfermedad y
sobre los que actúa el fármaco directamente) y biomarcadores (genes que están
indirectamente asociados a la respuesta a un fármaco).
Pero, además, PanDrugs integra otra
fuente de información basada en la biología de sistemas que analiza
automáticamente los circuitos biológicos y amplía la búsqueda de dianas
terapéuticas a toda la vía de señalización.
PanDrugs prioriza
los tratamientos farmacológicos basándose en los datos genómicos del paciente.
(Foto: CNIO)
"Esta nueva estrategia (llamada
pathway member) amplía las oportunidades de tratamiento de los pacientes con
cáncer al enriquecer el arsenal terapéutico y abre nuevas vías para la medicina
personalizada", afirma Al-Shahrour.
PanDrugs es capaz de identificar
compuestos empleados en la práctica clínica habitual. En el artículo se
muestran tres ejemplos que podrían ser beneficiosos para pacientes con cáncer
de próstata, mama y colorrectal que no presentan las alteraciones génicas más
comunes (genes driver) para las que, en algunos casos, sí existen protocolos
terapéuticos.
La potencia de esta herramienta
reside también en su base de datos, que “es el repositorio público más grande
de relaciones fármaco-diana, que van desde las terapias dirigidas empleadas hoy
en día en la clínica hasta compuestos en fase preclínica. La versión actual de
PanDrugsdb integra datos procedentes de 24 fuentes primarias y es capaz de
generar más de 56.000 asociaciones fármaco-diana", subrayan los autores.
PanDrugs puede integrarse totalmente
en protocolos de análisis bioinformáticos a través de su interfaz de
programación de aplicaciones o API. La imagen de docker de PanDrugs facilita su
rápida instalación en infraestructuras computacionales de alto rendimiento,
mejorando su reproducibilidad y eficiencia. PanDrugs y PanDrugsdb son herramientas
de código abierto.
Fuente: CNIO
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