Con computadoras, analizan la estructura del genoma humano.

(Los acentos fueron obviados por cuestiones tecnicas)

Con computadoras, analizan la estructura del genoma humano
Investigadores argentinos desarrollaron tecnicas novedosas valoradas internacionalmente

El genoma humano -es decir, el conjunto de instrucciones quimicas necesarias para fabricar una persona- esta escrito en el ADN que guardan las celulas y en un lenguaje que resulta de la combinacion de solo cuatro letras o "bases" (A, C, G y T).

Lo singular del caso es que se calcula que solo el 2% de los 3000 millones de letras que integran el ADN humano contiene informacion biologica para sintetizar proteinas. Del 95% restante solo se sabe que no genera proteinas y que esta formado por secuencias (o "palabras") repetitivas. Se lo llama "ADN basura" y su funcion es todavia un misterio.

Entender para que sirve la mayor parte del ADN es un problema complejo que atrae la atencion de investigadores de todo el mundo, y un equipo del Departamento de Computacion de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales de la UBA esta ubicado en la primera linea de las investigaciones. En una experiencia pionera en el pais, gracias a un acuerdo logrado por el Ministerio de Ciencia, Tecnologia e Innovacion Productiva, de aqui en mas sus investigaciones seran financiadas por dos empresas privadas: BioSidus e IBM.

"Hace un año, estaba iniciando mi año sabatico y me propuse responder una pregunta hecha por otro -cuenta Veronica Becher, que lidera el grupo Kapow [sigla en ingles que corresponde a "Algoritmos para resolver problemas en palabras", formado por Alejandro Deymonnaz y Pablo Heiber, a quienes definio como "los programadores mas brillantes de la Argentina"-. Estudios recientes mostraron que el ADN «basura» si tiene algun tipo de funcion, pero no se sabe exactamente de que manera opera. Uno de los problemas fundamentales es que no hay un analisis cuantitativo exhaustivo de sus distintas partes. Es decir, de los tipos, cantidad y distribucion de las secuencias de letras que aparecen replicadas a lo largo del genoma. Entonces nos dijimos: esta es una pregunta que si podemos abordar."

La tarea, por supuesto, es ciclopea. Consiste nada menos que en bucear entre los miles de millones de letras del genoma e identificar las "palabras" identicas, sin saber cuales son y comparando todas las posibles superposiciones.

Una experiencia novedosa

"Desde el principio de los estudios genomicos se supo que la informatica es central, porque no hay otra forma de analizar tal masa de datos -explica Becher-. Decidimos hacer un computo exhaustivo de todas las repeticiones que aparecen en el genoma humano. Habia tres cuestiones cruciales: teniamos que pensar rapidamente el algoritmo [lista de operaciones que permite resolver un problema] porque estabamos en mi año sabatico, teniamos que programarlo tambien rapidamente y ademas el algoritmo en si tenia que ser veloz. Ideamos uno cuya caracteristica fundamental es la eficiencia."
Usando datos disponibles en Internet, los investigadores computaron los patrones repetidos de los 24 cromosomas humanos (y los presentes en el chimpance, el perro, la rata y el raton, lo que suma 129 cromosomas en total), calcularon su numero y ubicacion, y los compararon entre si.
Tambien desarrollaron "mapas de repeticiones" y pudieron obtener conclusiones estadisticas (por ejemplo, cuales son los patrones coincidentes mas largos que aparecen en cualquier par de cromosomas y cual es el porcentaje de repeticiones en los 129 cromosomas).
La busqueda de elementos repetitivos en el genoma ya se usa en medicina forense (para determinar paternidad o identificar individuos) y en ganaderia (para la seleccion asistida por marcadores geneticos). Pero el trabajo local, en el que tambien participaron Martin Urtazun y Marcos Foglino, aporta un enfoque novedoso que fue valorado internacionalmente. Este año, los cientificos piensan analizar la secuencia genetica de 10 genomas humanos. Lo haran en colaboracion con dos de los mas destacados centros europeos en este tema (el Centro de Investigac iones Principe Felipe y el Centre for Genomic Regulation). "Como resultado, tendremos una bateria de algoritmos aplicables a cualquier genoma", dice Becher.
"Este es un experimento que respaldamos con entusiasmo-dice el ministro Lino Barañao-. Se nos presenta el problema de que el recurso mas importante para continuar las investigaciones es el humano, que es el mas dificil de financiar con los instrumentos que tenemos. Hay que encararlo de forma novedosa. Aun en la crisis, dos empresas del sector privado estan dispuestas a seguir apoyando el proyecto. Esto permitira retener a estos jovenes en el pais. No tenemos supercomputadoras, pero tenemos «supercerebros»."

Fuente: Nora Bär, LA NACION